Ông Trần Văn An cũng đã gởi đơn lên UBND thành phố xin từ chức. Trước đó, Ban Thường vụ Đảng ủy khối cơ quan dân chính Đảng, Thành ủy Cần Thơ cũng đã cách chức Chi ủy viên đối với ông Trần Văn An.
Theo Ủy ban Kiểm tra (UBKT) Thành ủy, trong thời gian bị đình chỉ công tác (vì có liên quan đến vụ lập quỹ đen tại Phòng QLĐT Ninh Kiều), ông An đã lập ra Công ty TNHH Tư vấn thiết kế An Gia.
Đến khi giải thể công ty này, ông An lập tiếp Công ty cổ phần Tư vấn thiết kế nhưng đã bị Sở KHĐT từ chối cấp phép vì ông An đang là đảng viên, cán bộ, công chức Nhà nước. Sau đó, ông An để con trai mình đứng tên xin thành lập công ty nói trên nhưng thực chất ông là người trực tiếp quản lý, điều hành.
Khi được khôi phục công tác, nhận lại chức viện trưởng, ông An vẫn tiếp tục làm việc và nhận lương tại công ty do con mình đứng tên đến tháng 7-2008…
UBKT Thành ủy Cần Thơ kết luận: Là Chi ủy viên, Viện trưởng Viện KTQH nhưng ông An không thực hiện đúng Điều lệ Đảng và các quy định của Nhà nước. Kết luận của UBKT cho biết ông An còn sở hữu nhiều nhà, đất nhưng không thực hiện kê khai tài sản; sử dụng xe ô tô công không đúng chế độ và thanh toán nhiều khoản tiền không đúng quy định.
B.ĐẠI